Năm 1974, ông kết hôn với Susana Higuchi, người 1994 thành lập đảng chính trị riêng và ly dị ông 1998. Từ cuộc hôn nhân này, họ có được 4 người con: Keiko, Hiro, Sashi và Kenyi. Con gái ông Keiko cũng là một chính trị gia và đã tham dự các cuộc bầu cử tại Peru vào năm 2011 cũng như năm 2016 như là ứng viên tổng thống. Vào ngày 06 tháng 4 năm 2006, ông kết hôn với người vợ thứ hai, chủ khách sạn Nhật Bản Satomi Kataoka (片岡都美).[28]

Hầu tòa

Ra lệnh xét nhà không giấy phép

Ngày 11 tháng 12 năm 2007 tòa án đã kết án ông sáu năm tù và phạt tiền 92.000 USD vì tội ra lệnh đột nhập vào nhà và trộn cắp, vì ông trước khi bị lật đổ ra lệnh xét nhà không có giấy phép của công tố viên[29][30].

Dùng những nhóm vũ trang ám sát

Ngày 7 Tháng 4 năm 2009, ông bị kết án 25 năm tù giam vì tội sử dụng những nhóm vũ trang ám sát.[31]

Tham nhũng

Vào ngày 20 tháng 7 năm 2009, Fujimori bị kết án vì tội tham nhũng bảy năm rưỡi tù giam. Ông đã trả trong năm 2000 cho cố vấn của mình Vladimiro Montesinos khoảng 11.000.000 € từ ngân sách quốc phòng và nó tuyên bố đó là tiền "bồi thường".[32]